선거 당일 서울 송파구와 강남구에서 투표용지 부족 우려가 선거관리위원회에 전달되었으나, 선관위가 즉각적인 보충 조처를 취하지 않은 것으로 나타났다. 9일 강남구 관계자에 따르면, 지방선거 본투표일인 지난 3일 오전 11시 33분경 강남구 청담동 제4투표소에서 투표용지가 부족할 것 같다는 보고가 강남구 선관위에 전달되었다. 이에 강남구 선관위는 "500매 정도 남았을 때 다시 연락해달라"고 안내했다. 강남구 관계자는 당시 투표용지가 남아 있었으나 부족할 것 같다고 보고했으며, 선관위의 기준에 따라 500매 정도가 남을 때까지 기다리라는 지침을 받았다고 설명했다. 반면, 서울 송파구에서도 같은 날 오전 11시경 투표용지 부족 우려가 제기되었으나, 선관위는 "100매가 남을 때까지 기다리라"고 안내했다. 이로 인해 송파구와 강남구에서 각각 '100매'와 '500매'라는 서로 다른 추가 공급 기준이 적용되어 현장 대응 기준이 명확하지 않았다는 지적이 나왔다. 강남구의 해당 투표소는 투표 마감 시각인 오후 6시를 넘겨 오후 6시 10분경에 투표가 종료되었다. 선관위는 이번 투표용지 부족 사태에 대해 진상규명위원회를 통해 당시 상황을 조사할 방침이다. 경찰 역시 당시 투표용지가 부족했던 지역의 선거 담당자들이 나눈 메신저 대화와 투표용지 공급 경위를 조사하고 있는 것으로 알려졌다.