6월 3일 지방선거 본투표 당일 서울 송파구 일부 투표소에서 투표 용지가 부족하여 유권자들이 대기하는 상황이 발생했다. 이에 대해 중앙선거관리위원회는 오후 해당 사태 발생 시점에 송파구 선거관리위원회가 해당 투표소로 투표용지를 이송 중이라고 밝혔다. 또한, 대기 중인 유권자는 투표 마감 시각이 지나더라도 정상적으로 투표할 수 있으므로 용지 부족으로 인해 투표가 불가능하다는 오해가 없어야 한다고 설명했다.

선거관리위원회는 투표 용지가 부족해진 원인으로 제9회 지방선거 투표율이 지난 선거보다 높았기 때문에 예상 투표율에 따라 준비된 투표용지가 부족했다는 점을 밝혔다. 송파구 관계자는 투표 용지 부족에 대한 조치가 늦어진 점에 대해 언급했다.

이날 오후 1시경부터 잠실2동6투표소 등 일부 투표소에서 투표 용지 부족으로 인해 유권자들이 대기하는 상황이 발생했다. 이로 인해 오후 4시 30분부터 해당 투표소에서의 투표가 중단되었다고 전해졌다.