6월 3일 지방선거 본투표일에 투표용지 부족 사태가 발생하면서 투표 중단 사태가 벌어졌고, 이에 항의하는 시위가 이어졌다. 경기 과천시 중앙선거관리위원회 앞과 밤 10시까지 투표 연장이 이루어졌던 서울 잠실7동 2투표소에서도 수백 명이 모여 항의 시위가 진행되었다. 부정선거를 주장하는 한 인물이 경기 과천시 선관위 앞에서 열린 집회에서 2026년 6월 3일을 제2의 4·19 혁명으로 주장하며 "원천 무효", "부정 선거" 등을 외쳤다. 또한, 투표용지 부족 사태가 발생한 서울 잠실7동 2투표소에서도 수백 명이 모여 "개표 중단", "선거 무효", "부정 선거"를 외치며 새벽까지 집회를 이어갔으며, 투표함 반출을 막기 위해 투표소 인근을 둘러쌌다. 이에 선관위는 경찰에 협조를 요청했고, 현재 기동대 수십 명이 현장에 출동한 상태이다. 앞서 선관위는 서울 송파구 투표소 12곳과 강남·광진구 각각 1곳 등 총 14곳에서 투표용지 부족 현상이 발생했음을 밝히며 대국민 사과한 바 있다. 투표용지 부족으로 인해 많은 시민들이 장시간 투표소 앞에서 대기하거나 발길을 돌리는 상황이 발생했다. 선관위는 3일 자정부터 투표용지 부족 사태와 관련한 긴급회의를 열고 이후 대책을 논의할 계획이다.