6·3 지방선거 본투표일인 3일, 투표소 최소 14곳에서 투표용지 부족 문제가 발생하여 투표가 일시 중단되고 일부 유권자가 투표를 포기하거나 투표가 연장되는 전례 없는 사태가 발생했다. 중앙선거관리위원회(선관위)는 이날 저녁 투표용지 부족 현황을 파악했으며, 서울 송파구 12개, 강남·광진구 1개씩 총 14개 투표소에서 용지가 부족한 것으로 확인되었다. 이들 투표소에서는 투표용지 부족으로 인해 투표가 잠정 중단되었으며, 투표 마감 시각인 저녁 6시를 넘겨서도 투표가 계속되었다. 특히 서울 잠실7동 제2투표소에서는 투표 시간이 밤 10시까지 늦춰졌다. 인천 연수구 등에서도 투표용지 부족 신고가 접수되어 향후 문제가 발생한 투표소 수는 증가할 수 있다는 우려가 제기되었다. 선관위는 투표용지 부족의 원인을 '투표율 예측 실패' 때문이라고 설명했는데, 사전 투표율과 과거 투표율을 고려하여 투표용지를 인쇄했으나 예상보다 많은 유권자가 몰렸기 때문이다. 가장 심했던 송파구의 경우 투표용지가 전체 유권자 수의 절반 정도만 인쇄된 것으로 파악되었다. 이에 대해 국민의힘은 진상 파악이 완료될 때까지 개표를 중단하고 재투표를 요구하며 선관위를 항의했다. 오세훈 서울시장 후보 역시 조치가 완료되기 전까지 개표는 중단되어야 한다고 주장했다. 반면, 더불어민주당 사무총장은 개표 중단이나 재투표가 가치가 없다고 언급했다. 강유정 청와대 수석대변인은 선관위가 국민의 참정권 보장을 위해 책임 있는 조치를 취해달라고 촉구했다.