6·3 지방선거의 부실 관리로 발생한 투표용지 부족 사태가 부정선거론 지지자들의 위협적인 시위와 마찰로 이어졌다. 5일 잠실7동 제2투표소 개표가 진행된 서울올림픽공원 핸드볼경기장에는 부정선거론 지지자 등 약 2천여 명이 모여 위협적인 행동을 보였다. 이들은 개표소 건물 출입구를 지키고 시민들에게 신분증 확인을 강요했으며, 개표 참여 직원 색출을 목적으로 했다. 이 과정에서 일부 시민들은 신분증이 없다는 설명에도 불구하고 위협을 받았으며, 건물 내 직원들은 업무 수행에 어려움을 겪었다고 토로했다.

이러한 항의 행동은 황교안 자유와혁신 대표, 전한길 씨 등 부정선거론 지지자들을 중심으로 결집하며 위협적인 양상으로 번졌다. 지난 4일에는 잠실투표소를 찾은 서울 선관위 사무처장 등이 멱살을 잡혀 끌려다니는 상황이 발생했으며, 과천 선관위 앞에서도 위협적인 행동이 이어져 경찰이 제지했다. 또한 5일에는 언론사 기자가 부정선거론 지지자들에게 둘러싸여 밀쳐지는 등 사실상 폭행을 당하는 상황도 발생했다. 이날 전한길 씨는 지지자들을 향해 지방선거가 부정선거임을 선언했다.

투표용지 부족 사태 이후 선관위의 미흡한 대응이 부정선거론 지지자들의 과격한 행동에 빌미를 제공했다는 지적이 제기되었다. 선관위는 대국민사과를 했으나 투표소 현황 등에 대한 명확한 설명을 내놓지 못했고, 노태악 선관위원장의 사과와 일부 조사 결과는 이틀이 지난 후에야 발표되었다. 이러한 설명의 부재는 부정선거 음모론이 그 빈자리를 채우게 만들었다.

전상진 서강대 교수는 선관위의 실수가 음모론에 바탕을 둔 폭력 사태에 정당성을 부여할 위험이 있었다고 분석했다. 그는 선관위가 어떤 실수를 했는지, 얼마만큼의 처벌이 필요한지에 대한 납득 가능한 결과가 나와야만 음모론과 선을 그을 수 있다고 지적하며, 사안에 대한 철저한 조사와 책임자 문책이 필요하다고 제언했다.