권창영 특별검사팀이 윤석열 정부 시절 행정안전부 청사 정비 예산을 관저 증축 공사에 불법 전용한 정황을 파악하고 수사 중이다. 종합특검팀은 행안부 공무원들의 일지 등을 증거로 확보하여 대통령실에서 행안부 장관을 거쳐 정부청사관리본부로 예산이 전용 지시된 것으로 보고 있으며, 이를 통해 '윗선'의 개입 여부를 규명하려 하고 있다. 한겨레 취재에 따르면, 2022년 대통령 관저 이전 장소 변경으로 증축 비용이 증가하자, 관련 업체가 행안부 예산보다 훨씬 많은 공사 견적을 제출했다. 이에 김대기 대통령비서실장이 예산 전용을 지시했고, 이 전 장관이 이를 정부청사관리본부에 전달하여 추가 공사비를 확보했다는 내용이 드러났다. 종합특검팀은 관련 지시 및 보고 내용이 기록된 정부청사관리본부장의 일지 등을 증거로 확보했다. 당시 공무원들은 예산 전용이 위법 소지가 크다고 보고 반발했으나, 관련 당국은 이를 수용하지 않았으며 일부 공무원은 병가나 인사이동을 요구하기도 했다. 당시 업무 담당자들 사이에서는 해당 사업이 '위험한 사업'이라는 인식이 팽배했다는 증언도 있었다. 종합특검팀은 이와 관련하여 이 전 장관을 직권남용 혐의 피의자로 조사했으며, 앞서 김 전 비서실장과 윤재순 전 총무비서관을 직권남용 혐의로 구속한 바 있다. 또한, 윤 전 대통령에 대해서도 비상계엄 관련 메시지 전파 혐의 등으로 조사가 진행되고 있다.