수사 과정에서 특수부대 요원들이 받은 처우 문제와 관련하여, 공작원들을 지휘한 상사의 기만 행위가 드러났다. 해당 상사는 공작원들에게 소위로 임관을 약속했으나 실제로는 대위 계급장을 위장하여 권한을 행사했으며, 이 과정에서 무서운 인물로 묘사된 인물이 현장에서 사망했다. 사건의 원인은 북한 침투 계획이 남북 화해 분위기 조성으로 인해 무산되었기 때문이며, 훈련 중 발생한 비극적인 사건들(주민 겁탈, 동료 살해 등)과 여러 불만이 복합적으로 작용하여 사건이 터졌다. 이 기회를 통해 사형 집행당한 이들이 자신의 행위에 대해 문책받고 정부의 책임 소재를 따져볼 필요가 있다는 논지가 제시된다. 실미도 사형집행 공작원들에게는 그들이 국가를 위해 희생했으나 비극으로 끝난 것에 대한 안타까움과 유족들에 대한 위로가 전달되었다. 법적 절차 자체는 진행되었으나, 공작원들이 군인이 아니었기에 법률상 계약 관계와 유사하다는 주장이 제기되며, 사형 집행의 정당성과 관련하여 국가의 책임 문제가 부각된다. 국방부 과거사진상규명위원회 보고서는 국가가 실체 은폐를 위해 법적 절차(통지 및 시체 인도)를 이행하지 않은 것은 명백한 불법행위였다고 지적한다. 또한, 사형 집행을 지휘한 인물은 베트남전 파병 명령 등을 미끼로 상고 포기를 유도했다는 의혹이 제기되었으며, 관련 증언과 기록들이 논의되고 있다.