서소문 고가차도 붕괴 사고 전 철거 공사 시간을 두고 서울시와 한국철도공사(코레일)가 공방을 벌이고 있다. 철거 작업을 수일에 걸쳐 나누어 진행한 것이 붕괴 가능성을 높였다는 의혹이 제기되면서 책임 소재를 두고 대립하고 있다. 코레일은 28일, 열차 운행선에 지장을 줄 수 있는 작업은 열차 운행이 중지된 시간대에 시행해야 한다는 의견을 제시하며, 서울시가 야간 차단 작업을 통해 계획을 수립했다는 입장자료를 배포했다. 이는 서울시가 사고 브리핑에서 주장한 내용에 대한 반박이다. 당시 서울시 관계자는 철도 외 구간은 24시간 작업을 진행했으나, 철도 구간은 코레일과의 협의를 통해 새벽 1시 30분부터 4시 30분까지만 작업이 허용되었다고 설명했다. 서울시는 최초에 24시간 작업을 요청했으나 코레일 측에서 '하루 3시간이 최대'라는 답변을 받아들여 진행했다고 밝혔다. 일부에서는 철거 작업을 분할하여 진행한 것이 붕괴 위험을 키웠다는 주장이 나오자 코레일을 책임으로 돌리고 있다. 이에 대해 코레일은 사고 발생 구간이 열차가 차량 정비를 위해 기지로 이동하는 핵심 구간이며, 장시간 연속 차단은 전국적인 열차 운행에 차질을 줄 수 있음을 강조했다. 해당 구간은 경기 고양시 수도권철도차량정비단 등 차량기지로 향하는 길목으로, 이번 사고로 열차 운행이 줄어든 이유도 차량기지에서의 입·출고 어려움 때문이다. 코레일은 해당 작업이 열차가 운행하지 않는 심야에 시행되었으며, 서울시와 세부 작업 일정에 대해 협의를 완료했다고 덧붙였다. 또한, 서울시는 교통량과 작업 위험성을 고려하여 작업 계획 수립 단계부터 야간 차단 작업으로 계획을 수립하고 국가철도공단에 신고서를 제출했다고 밝혔다.