중앙선거관리위원회는 6월 3일 선거일 일부 투표소에서 투표용지가 부족하여 유권자들에게 혼란을 야기한 사태에 대해 사과했다. 허철훈 중앙선관위 사무총장은 이날 오후 대국민 사과문을 통해 국민에게 불편을 드리고 공정한 선거 관리에 대한 신뢰를 훼손한 점에 대해 책임을 통감한다고 밝혔다. 허 사무총장은 투표 과정에서 일부 투표소의 투표용지 부족으로 국민에게 혼란과 심려를 끼친 점을 인정했다. 이에 대해 선관위는 해당 사실을 인지한 즉시 투표용지가 부족한 투표소에 추가 투표용지를 이송했으며, 대기 중인 유권자들이 마감 시각 이후에도 정상적으로 투표할 수 있도록 조치하고 안내했다고 설명했다. 또한 중앙선거관리위원회는 이번 사안을 엄중히 인식하고 있으며, 개표 종료 즉시 투표용지가 부족했던 원인과 문제점을 파악하여 재발 방지 대책을 마련하겠다고 밝혔다. 허 사무총장은 미흡한 준비와 대처로 실망을 안겨드린 점에 대해 다시 한번 사과했다. 이날 오후에는 송파구 잠실2동 제6투표소 등에서 투표용지 부족으로 유권자들이 대기하는 상황이 발생했으며, 일부 유권자는 투표를 포기하거나 부정선거를 주장하기도 했다. 연수구 송도5동 제1투표소와 동춘1동의 한 투표소에서도 투표용지 부족으로 유권자들이 대기하는 소동이 있었다. 국민의힘은 이날 오후 8시 기준으로 서울 광진구 구의3동 제6투표소, 동작구 노량진1동 제7투표소, 서초구 잠원동 제7투표소, 반포4동 제3투표소, 강남구 청담동 제4투표소 등 총 17곳에서 투표용지 부족 사태가 발생한 것으로 파악했다.