노태악 중앙선거관리위원장이 6·3 지방선거의 투표용지 부족 사태에 대한 책임을 지고 사퇴하며 사과했다. 그는 이번 사태가 국민의 참정권을 침해한 일이며 선거제도에 대한 불신을 일으킨 사태라고 지적했다. 중앙선관위원장의 사퇴와 별개로 여야가 국정조사를 추진함에 따라 사태의 원인 규명과 선관위 전반의 감찰 및 개혁이 필요하다는 목소리가 커지고 있다. 중앙선관위는 투표용지 부족 사태에 대해 해명했는데, 투표 당일 서울시선관위가 송파구선관위로부터 부족 보고를 받았음에도 대책 없이 상황을 지켜봤다는 것이다. 중앙선관위 관계자는 송파구선관위에 상주 직원이 없어 적절히 대응하지 못한 것으로 설명했다. 이러한 행태는 2022년 사전투표 논란 이후 반복되어 헌법기관으로서의 자격에 대한 의문을 제기하고 있다. 이번 선거는 유권자 의식조사 결과 응답자의 73.6%가 투표할 것이며 사전투표율도 23.5%로 지방선거 기준 역대 최고치를 기록했다. 중앙선관위는 투표용지 남는 것을 방지하기 위해 최소 인쇄 수량을 유권자 50%로 유지하고, 선거 후 남는 용지를 부정선거 음모론의 빌미로 삼지 않기 위해 투표소별 배정 용지의 10%를 선관위에 보관했다고 밝혔다. 그러나 투표용지 부족 사태가 집중된 송파구에서는 정작 투표용지가 4만 장 이상 남는 사실이 드러났다. 전문가들은 선관위가 독립기관임에도 실패에 대한 책임을 면제할 수 없으며, 중앙선관위원장과 시도선관위원장 등 사법부가 선관위를 겸직하는 구조적 문제로 인해 선거 업무의 전문성이 떨어져 이러한 사태가 반복된다고 지적한다. 이에 따라 선관위를 해체 수준으로 개혁해야 한다는 주장이 제기되고 있으며, 국무총리는 국정조사나 특검을 통해 사태의 원인과 구조적 문제점을 철저히 규명하고 제도 개선을 이뤄내야 한다고 강조했다.