6·3 지방선거에서 드러난 선거관리위원회의 총체적 부실을 해결하기 위해 여야 모두 개혁 작업에 나서고 있다. 이번 선거를 계기로 드러난 선관위의 부실에 대한 국민적 공분이 커지면서, 여야는 국정조사, 특검 도입, 나아가 개헌까지 포함하는 '대수술'을 논의하고 있다. 당분간은 공연한 정쟁으로 시간을 소모하기보다 여야가 합의할 수 있는 근본적인 개혁책 마련에 집중해야 한다는 목소리가 나오고 있다.

여야 의원들은 선관위 외부 감시를 강화하는 법안을 발의하고 있으며, 선관위에 외부 감사관을 도입하고 그 보고서를 국회에 제출하도록 하는 방안 등을 추진 중이다. 또한 감사원이 선관위에 대한 직무감찰을 할 수 있도록 하는 법안도 준비하고 있다. 이는 헌법상 독립기관이라는 이유로 외부 감시가 어려운 상황을 개선하려는 취지이다. 선관위의 감사를 강화하거나 위원 구성을 변경하고 위원 파면 사유를 확대하기 위해서는 개헌이 필요하다는 의견이 제시되고 있으며, 헌법재판소가 과거 감사원의 감사를 위헌으로 판단한 점을 고려할 때 위헌성 시비를 없애기 위한 개헌 논의가 제기된다.

선관위의 부실은 투표용지 부족, 득표수 누락 등에서 비롯되었으며, 선거 때마다 직원들의 휴직이 늘어나는 현상이 반복되었다. 또한 노태악 전 중앙선관위원장의 경우 선거를 앞둔 3개월 동안 실제 출근일이 법정 근무일의 절반에 불과했다는 사실도 드러났다.

여야 원내지도부는 국정조사에 속도를 내고 있으나, 일부 의원들은 재선거와 특검 즉시 도입을 주장하며 사안을 정쟁으로 몰아가는 경향을 보인다. 이러한 정치적 대립보다는 여야가 합의하여 선관위에 대한 국정조사를 포함한 세부 사항을 정리하고 신속하게 개혁책을 시작해야 한다는 주장이 제기되고 있다.