지난해 제21대 대통령선거 투·개표 과정에서 과거 선거에 사용된 투표지 최소 5장이 전국에서 뒤늦게 발견되었다. 이 투표지들은 선거 결과가 이미 확정된 후에 발견되어 개표 결과에 반영되지 못했다. 해당 투표지들은 최대 3년간 투표함에 남아 있었으며, 이는 선거관리위원회의 부실한 관리로 인한 ‘참정권 침해’ 사례가 발생했음을 시사한다. 김민전 국민의힘 의원이 중앙선거관리위원회로부터 제출받은 연구보고서에 따르면, 지난해 대선 투·개표 과정에서 경기 김포·부천 제22대 국회의원선거 투표지, 2022년 지방선거 서울 강서구 시의원 선거 투표지, 제22대 국회의원선거 서울 구로구 비례대표 투표지, 2025년 4월 부산교육감 재선거 투표지 등이 각 한 장씩 발견되었다. 이들 투표지는 투표함 내부나 관내사전투표함 연결 부위 등에서 발견되었으며, 선관위는 이들 투표지가 선거 결과에 영향을 미치지 않는다고 판단하여 집계에 반영하지 않았다. 투표지 발견의 원인으로는 ‘투표함 보관·정비 및 개함 과정에서의 잔류 투표지 확인 미흡’이나 ‘투표함 내부 굴곡 부위에 투표지가 밀착된 경우’ 등이 지목되었다. 투표함 개함과 개표 작업이 일용직 사무원이 담당하는 경우가 많았으며, 이후 투표함을 재점검하는 절차가 없었던 것으로 파악된다. 발견된 투표지는 지역 선관위가 보관하고 있으나 통일된 관리 지침은 마련되어 있지 않다. 선관위 관계자는 투표지는 당선인의 임기 동안 보관하는 것이 원칙이며 소송이 없으면 위원회 의결을 거쳐 기간을 단축할 수 있다고 밝혔다. 유권자의 투표 결과가 집계에서 누락되는 심각한 사고가 발생했음에도 불구하고, 재발 방지를 위한 개표 과정 중 빈 투표함 내부 확인 절차 강화 제안은 채택되지 않았다. 선관위는 현재 별도의 체크 항목은 없으나 교육 과정에서 투표함 내부를 다시 확인하도록 안내하고 있으며, 일부에서는 특검 수사를 통해 의혹을 규명하고 선거관리 시스템 전반에 대한 근본적인 점검과 제도 개선이 필요하다는 주장이 제기되고 있다.