중앙선거관리위원회가 특혜채용 의혹에 연루된 간부급 직원을 내부 감사 없이 감사원 자료를 근거로 징계했다가 법원에서 취소 판결을 받은 사실이 확인되었다. 이 사건은 선관위가 헌법상 독립기관임을 내세워 외부 감사를 회피하고 필요한 내부 감찰조차 지연시킨 행태와 관련된다. 2022년 합격자 순위 조작에 가담한 직원 A 씨의 경우, 감사원의 조사 결과에 따라 징계가 이루어졌으나 법원은 선관위가 자체 징계 절차를 진행하지 않은 점을 지적하며 징계 취소 소송에서 원고 승소 판결을 내렸다. 재판부는 중앙선관위가 감사원의 감사를 수용한 후 별도의 감사나 징계 절차를 진행하지 않았으며, 선관위는 헌법재판소의 심판 결정이 없는 상태에서 징계 절차를 진행할 법률상 장애가 있었다고 주장했으나, 감사원 조사 개시 통보가 자체 징계 금지 효력이 없었으므로 법률상 장애는 없었다고 판시했다. 이는 감사원이 선관위에 대한 직무감찰권이 없다는 헌법재판소의 결정에 따른 것으로, 외부 감사가 필요할 때 독립기관임을 내세워 내부 감사를 회피한 '선택적 독립기관' 행태가 외부 감시를 약화시켜 투표용지 부족 사태까지 초래했다는 비판이 제기되고 있다.