공정거래위원회가 대한항공의 이행강제금 감경 사례를 두고 시행령을 넘어선 재량적 판단이라는 비판에 직면하면서 제도 개선 작업에 착수했다. 이는 기업결합 시 경쟁제한 요소에 대한 시정조치 미이행 시 부과되는 금전적 제재인 이행강제금 관련 논란에서 비롯되었다. 공정위는 기존 시행령 등이 단순하여 복잡한 사안을 담기 어렵다는 판단하에, 시행령 및 관련 고시 개정을 목표로 세밀한 기준을 적용하기 위한 제도 개선 작업을 진행하고 있다.

이러한 제도 개선은 대한항공에 부과된 이행강제금 논란에서 촉발되었다. 공정위는 대한항공이 아시아나항공과의 기업결합 과정에서 공급 좌석 수를 과도하게 줄였다고 판단하여 초기에는 980억9471만 원의 이행강제금을 산정했으나, 시정조치 등을 감안하여 최종적으로 58억8568만 원으로 대폭 낮춰 논란이 발생했다. 법상 이행강제금은 50% 이내 가중·감경 또는 면제가 가능함에도 불구하고 최종 부과액은 6% 수준에 그쳤다. 공정위는 관련 하위 고시의 예외규정을 근거로 문제가 없다는 입장을 취했으나, 해당 고시가 상위 규범인 시행령의 범위를 벗어난 것으로 해석될 여지가 있다는 지적이 제기되었다.

제도 개편 과정에서 이행강제금 가중·감경에 대한 공정위의 재량적 판단 기준이 이전보다 확대될 전망이다. 또한 공정위는 인수금액의 0.03% 범위에서 정해지는 이행강제금 기준도 재검토할 방침이다. 이러한 변화는 기업들의 규제 예측성을 약화시켜 경영 애로를 가중시킬 수 있다는 우려를 낳고 있다. 공정위가 경제적 제재의 실효성 강화를 위해 보다 정밀한 과징금 산정을 요구하는 상황에서, 대한항공은 공정위 처분에 불복하여 행정소송을 제기한 상태이다.