6·3 지방선거를 앞두고 투표용지 부족 사태가 발생하여 투표가 지연되고 혼란이 빚어졌다. 서울 송파구 잠실7동 제2투표소에서는 오후 2시 30분부터 투표용지 부족 현장이 발생했으며, 현장 공무원들이 이를 선거관리위원회에 전달했으나 선관위는 투표용지를 제때 공급하지 못해 일시적인 투표 중단과 일부 투표소의 투표시간 연장으로 이어졌다. 전국공무원노동조합이 공개한 대화 내용을 통해 지난 3일 오후에 잠실7동 2투표소에 잔여용지가 500매 미만이라는 보고가 있었으며, 현장 공무원들은 심각한 상황을 호소했다. 이와 비슷한 투표용지 부족 현상은 송파구 곳곳의 투표소에서 발생했다. 선관위는 앞서 송파구 12개 투표소에서 용지 부족이 있었다고 밝힌 바 있으나, 잠실 2동 등에서 용지 부족에 대한 공무원들의 문의에 대해 명확한 답변이나 추가 수령 확답을 하지 못했다. 잠실 4동, 방이 2동, 오륜동, 가락1동, 가락2동 등에서도 용지 부족 보고가 이어졌으나 선관위의 대응은 미흡했다. 공무원들은 주민들의 항의와 부정선거 의심 민원 등으로 인해 업무 진행에 어려움을 겪고 있다고 호소했다. 특히 잠실7동 제2투표소는 부정선거론 지지자들의 투표함 봉쇄 시위 현장이 되면서 사흘 가까이 투표함 이송이 지연되었다. 선거관리위원회는 결국 이날 아침 경찰 지원을 받아 투표 마감 35시간 만에 해당 투표함을 개표소로 이송했다. 이에 노태악 중앙선거관리위원장은 모든 사태에 대한 책임을 통감하며 중앙선거관리위원장직에서 물러나겠다고 밝혔다.