이재명 대통령은 6·3 지방선거 투표용지 부족 사태를 "국민주권의 근간을 훼손한 중대한 사안"으로 규정하고, 검찰과 경찰이 참여하는 합동수사본부를 구성하여 책임 소재를 규명하고 사건 전모를 철저히 밝힐 것을 지시했다. 또한 대통령은 국민의 참정권은 헌법적 권리임을 강조하며 유감을 표하고, 정부 차원에서 가능한 모든 조치를 강구하겠다고 밝혔다. 이 대통령은 국회를 향해 재발 방지 대책 마련을 위한 국정조사 추진과 근본적 제도 개선 방안 논의를 요청했다. 중앙선거관리위원회에 대해서는 조직 운영과 선거 관리 전반에 대한 점검과 국민 신뢰 회복을 위한 강도 높은 쇄신과 개혁 의지를 촉구했다. 김민석 국무총리는 지방선거 관련 전현직 총학생회 대표 간담회에서 투표용지 부족 사태를 "참정권 침해이자 민주주의의 기본에 대한 도전"으로 비판하며 선거관리위원회의 고위직 인사에 대한 재고를 요구했다. 여야는 국정조사를 추진하겠다는 입장을 보였다. 더불어민주당 원내대표는 국정조사 요구서를 제출하고 개헌을 통한 선거관리위원회의 견제 장치 마련이나 전면적인 재구성을 고민하고 있다고 밝혔다. 또한 특검 검토 가능성도 언급했다. 국민의힘 장동혁 대표 역시 특검과 국정조사를 요청하고 전국 단위 재선거 실시와 사전투표 폐지를 주장했다.