6월 3일 지방선거 본투표 당일 발생한 투표용지 부족 사태와 관련하여 보고 체계의 미비점이 지적되었다. 노태악 전 중앙선거관리위원장은 정식 투표가 종료되기 40분 전에야 용지 부족 사태에 대한 첫 구두 보고를 받았다고 밝혀졌다. 이는 상급 위원회에 대한 신속한 보고가 이루어지지 않아 적절한 지휘권 행사가 어려웠다는 비판으로 이어졌다. 중앙선거관리위원회가 윤건영 더불어민주당 의원에게 제출한 답변에 따르면, 노 전 위원장은 지난 3일 오후 5시 20분경 대변인으로부터 해당 사태를 구두로 처음 보고받았다. 이 보고 시점은 서울 송파구선관위 직원이 오전 11시 40분경 투표용지 부족 우려를 처음 인지한 시점보다 5시간 40분 후였다. 또한, 허철훈 전 사무총장은 오후 5시 10분경 공보과장으로부터 보고를 받았으며, 강동완 사무차장은 오후 5시 20분경 공보과 사무관으로부터 첫 구두 보고를 받았다. 선거상황실은 본투표 당일 오후 4시 25분경 송파구 가락2동 제3투표소로부터 투표용지 부족 관련 항의 전화를 접수한 사실이 드러났다. 중앙선거관리위원회는 본투표 당일 오후 5시 8분에 용지 부족 사태를 최초로 인지했음에도 불구하고, 투표 종료까지 1시간 35분밖에 남지 않은 상황에서 즉각 상부에 보고하지 않고 민원의 사실 여부만 따지느라 '골든타임'을 허비했다는 비판을 받았다. 한편, 투표용지 부족 사태를 조사한 중앙선거관리위원회 진상규명위원회는 지난 19일 노 전 위원장을 비롯한 선관위 수뇌부에 대해 수사 의뢰를 권고하였다.