12월 3일 비상계엄 국면에서 윤석열 전 대통령의 정치인 체포 지시 폭로와 관련하여 홍장원 전 국가정보원 1차장이 내란 가담 혐의로 입건된 배경에 관심이 쏠리고 있다. 종합특검팀은 홍 전 차장이 비상계엄 당시 국군방첩사령부 및 경찰청과의 연락체계 구축, 미 중앙정보국(CIA) 메시지 전달 과정에 관여했다고 의심하며 수사를 진행하고 있다. 그러나 홍 전 차장 측은 이러한 혐의를 강력히 부인하고 있다.

종합특검팀이 주목하는 부분은 홍 전 차장이 비상계엄 당시 윤 전 대통령과 방첩사령관으로부터 받은 지시 이후 실제 취한 조치에 대한 내용이다. 특검팀은 홍 전 차장이 국정원 산하 실무자의 메모에서 '국정원 요원을 경찰에 파견' 등의 내용을 발견하고 이를 지시했다고 보고 있다. 이에 대해 홍 전 차장 측은 이는 오해에서 비롯된 것이며, 당시 해당 기관에는 이미 유관기관 인력이 파견된 상설기구의 공석이 있었기에 빈자리를 확인하자는