아들의 살인 사건 관련 증거인멸 의혹을 받는 장윤기 씨의 아버지에게 집주인이 자취방 청소를 부탁했고, 이 과정에서 경찰이 물건 치우기를 허락했다는 진술이 나왔다. 장씨의 아버지는 아들의 원룸에서 리얼돌 등 주요 증거물을 빼낸 뒤 나머지 짐을 폐기해달라고 요청한 것으로 알려졌다. 훼손된 리얼돌은 장씨의 범행 목적이 성폭행이었음을 입증할 정황 증거가 될 수 있다. 장씨의 아버지는 살인 사건 발생 3일 후인 지난 5월 8일, 이 증거물과 개인정보를 가지고 임대인에게 물건을 버리도록 요청했다. 이후 임대인이 수사 경찰에 물건을 치워도 되는지 문의하자 경찰은 이를 허락했다는 진술이 있어 경찰의 증거인멸 묵인 의혹이 제기되었다. 장씨의 아버지는 집주소 등의 정보 역시 경찰 측으로부터 전달받았으며, 당시 수사팀이 아버지의 증거인멸 의도를 알면서도 묵인했는지에 대한 의문이 있다. 다만, 장씨의 아버지는 친족 특례에 따라 증거인멸 혐의로는 처벌받지 않는다. 장씨의 아버지는 리얼돌을 따로 챙겨 간 뒤 폐기한 정황이 있어 증거 인멸 의도가 있었음이 추가로 드러났다. 검찰은 리얼돌 훼손 등을 종합하여 장씨가 성폭행을 동기로 살인을 저질렀다고 판단하고 강간 등 살인 혐의를 적용했다. 장씨는 조사에서 증거 훼손 이유로 "아들이 성범죄자로 알려지지 않기를 바랐기 때문"이라고 진술한 것으로 전해진다. 경찰은 당시 현장 수사팀 입장에서는 원룸 물건을 치워도 된다고 판단했으며, 실물 확보 대신 동영상 촬영 및 DNA 감식을 통해 증거를 확보했다고 밝혔다. 장씨는 지난 5월 5일 고교생을 살해하고 다른 고교생을 살해하려 한 혐의로 구속 기소되어 재판을 받고 있다. 경찰청은 장씨 아버지와 관련 수사 기관에 대한 감찰을 진행 중이다.