중앙선거관리위원회가 2024년 국회의원 총선거에서 제기된 투표수 및 투표율 전산조작 의혹에 대한 국민감사 청구를 제대로 된 조사 없이 각하하거나 기각한 사실이 드러나면서, 선관위 직원들이 선거관리 시스템을 임의로 조작하는 것을 방치했다는 비판이 나오고 있다. 국민 300명 이상이 연명하여 공공기관의 법령 위반이나 부패 행위 조사를 요구하는 국민감사청구 제도가 활용되었다. 국민 348명의 청구서에는 투표 상황표 등을 모니터링한 결과, 투표자 수가 감소하거나 증발하는 등 이상 수치가 발견되었으며 기록이 짜깁기된 정황에 대한 조사가 요구되었다. 그러나 중앙선관위는 별다른 조사나 조치를 취하지 않았고, 당시 검토의견서에 따르면 '투표수·투표율 전산조작 의혹'을 부정선거 관련 소송 진행 중이라는 이유로 각하 사안으로 판단했다. 이듬해 4월에도 내부자의 서버 및 컴퓨터 조작에 의한 투표 왜곡이 의심된다는 내용의 국민 700여 명 감사가 재차 청구되었다. 이번에는 심사위 회의가 열렸으나, 7명 위원이 전원일치로 청구를 기각했다. 중앙선관위 측은 당시 검토보고서와 회의록을 통해 이를 "구체적 증거 없이 통계 오류에 기인한 법칙 또는 절차 사무 이해 없이 제기하는 단순 의혹"이라고 판단했다고 밝혔다. 특히 6·3 투표용지 부족사태 책임자로 사퇴했던 전 중앙선관위 사무총장이 두 차례 심사위 모두 위원장을 맡았다는 점에서, 중앙선관위 지휘부가 제대로 조사하지 않았다는 비판이 제기되었다. 한편, 선관위는 투표용지 부족사태를 초래한 책임과 직원들의 투표율 임의 조작 의혹으로도 수사를 받고 있는 상황이다. 또한, 투표율의 기초 자료인 '투표자 수' 수정 절차 운영 과정에서도 문제가 발견되었다. 한 매체가 확보한 '시간대별 투표수 수정보고 이력'에 따르면, 6·3 지방선거 당일 중앙선관위가 전국 56개 구시군 선관위로부터 받은 72건의 투표자 수 수정 요청 중 59건에서 총 투표자 수가 실제로 변경되었다. 그러나 원칙적으로 수정 사유를 명확하게 기재해야 함에도 불구하고, 대부분의 수치가 별다른 검증 절차 없이 수정된 것으로 나타나 관리 부실에 대한 의혹을 키우고 있다.