서울중앙지검 반부패수사 부서가 기존의 대규모 수사기관 규모를 압도하는 수준으로 새롭게 출범할 예정인 중수청은 여러 구조적, 법리적 문제에 직면해 있다. 검찰청 본청이 전국 중대범죄 수사 정책을 총괄 지휘·감독하며 권력이 과도하게 커졌다는 비판이 제기된 바 있어, 중수청의 경우에도 본청이 수사 정책 수립에 집중해야 한다는 의견이 나온다. 특히 행정안전부 장관의 수사지휘권은 '양날의 검'이라는 평가를 받는다. 법무부 장관과 달리 행안부는 수사 업무와 관련 없는 행정 조직이라 법률 전문성에 기반한 지휘에 한계가 있으며, 이 권한이 정치적 외풍을 타고 악용될 위험성이 크다. 중수청 수사관이 행안부 소속 특정직 공무원으로 묶여 있어 정치적 입김에 취약할 수밖에 없다는 점에서 공정성 논란이 끊이지 않을 수 있다. 또한, 경찰청 국가수사본부에 대해서는 행안부 장관의 관여가 금지된 것과 달리 중수청에는 지휘권 규정이 달라 정부 내 양대 수사기관 간 형평성 문제도 제기된다. 더 큰 논란은 수사 범위와 영역 다툼이다. 중수청이 7대 범죄를 포함해 '직접 관련성이 있는 모든 범죄'까지 수사할 수 있도록 되어 있어, 개별 죄명 위주로 나열된 수사 대상이 모든 범죄에 1차 수사권을 지닌 경찰청 국가수사본부와 상당 부분 겹친다. 이 과정에서 중수청의 통보·이첩 권한 범위가 제한되기도 했으나, 여전히 '정당한 사유'라는 모호한 개념으로 인해 수사 실무상 혼선이 발생할 가능성이 높다. 또한, 개정 형소법에 따라 검사의 보완수사권 폐지에 대한 우려를 해소하기 위해 중수청에 보완수사 전담 부서가 급하게 신설되었으나, 이는 중대범죄 수사기관이 민생 사건까지 떠맡게 되어 수사 역량 분산과 기관 간의 핑퐁 현상으로 인한 수사 지연을 초래할 수 있다는 우려를 낳는다. 전국 6개 지방청이 광범위한 지역을 관할함에 따라 피해자들의 접근성 문제도 가중될 전망이다. 따라서 중수청은 초기부터 명확하고 독립적인 수사력을 확보하여 설립의 정당성을 입증하는 것이 가장 큰 과제로 남아있다.