3대 특검 잔여 사건을 수사하는 권창영 특별검사팀이 윤석열 전 대통령의 비상계엄 결심 시점보다 1년 이상 앞선 시점에 합동수사본부 조직 개편을 추진한 정황을 확보하고 수사를 확대하고 있다. 종합특검팀은 국가정보원으로부터 방첩사의 '합수부 운영계획' 문건을 확보했다. 이 문건은 계엄 시 합수부 편성 계획과 관계기관 수사 인력 운용 방안을 담고 있는 군사기밀 자료로, 최종 결재만 이루어지지 않은 사실상 완성된 형태로 파악된다. 기존 합수부 운영 계획은 각 기관이 개별적으로 업무를 수행하는 방식이었으나, 여 전 사령관이 방첩사령관 부임 직후인 2023년 11월부터 합동으로 업무를 수행하는 방향으로 운영 개념을 수정하라는 지시가 있었으며, 이는 내부 반대에도 불구하고 강행되었다. 방첩사는 2024년 한미 연합연습을 앞두고 합동조 100개 팀을 구성하는 방안을 구상했으며, 비상계엄 선포 당시 경찰과 국방부에 인력 파견을 요청한 기록도 있다. 종합특검팀은 이러한 정황을 바탕으로 여 전 사령관의 방첩사령관 부임이 비상계엄 사전 작업일 가능성을 의심하고 있다. 또한, 특검팀은 김명수 전 합동참모본부 의장 등 군 관계자 4명에 대해 내란 중요임무 종사 혐의로 구속영장을 청구했으며, 이 과정에서 군 관계자들로부터 비상계엄 절차 및 병력 철수 관련 조언을 받았다는 진술을 확보했다.