경찰 퇴직자를 중심으로 구성된 전국경찰직장협의회 정책연구소는 검찰을 향해 보완수사권 존치 명분으로 특정 사건(장윤기 사건)을 이용하지 말 것을 촉구했다. 연구소와 협의회 관계자 등 10여 명은 지난 31일 광주지검 앞에서 기자회견을 열고, 사실관계나 형사책임이 확정되지 않은 상황에서 특정 수사팀이나 일선 경찰관을 범죄 은폐 세력으로 단정하고 이를 검찰의 보완수사권 존치 근거로 활용하는 것은 신중해야 한다고 밝혔다. 이들은 초동 수사와 지휘 과정에 위법·부실 수사나 감독 소홀이 있었다면, 그 책임은 지위 고하를 막론하고 철저한 수사와 재판을 통해 져야 한다고 강조했다. 한편, 현재 경찰이 검찰에 송치한 수사보고서 내용에 대해서는 검찰과 경찰직협 사이에 주장이 엇갈리고 있음을 지적했다. 구체적으로 경찰직협은 송치 의견서에 성범죄 목적 및 강간 등 살인 혐의에 대한 추가 수사 필요성이 기재되었다고 주장하는 반면, 검찰 측은 그러한 요청이 없었다고 밝히며, 만약 경찰이 추가 수사 필요성을 기재했음에도 알려지지 않았다면 사건 실체 왜곡이라는 중대한 의혹으로 이어질 수 있다고 주장했다. 또한 이들은 국가수사본부의 지휘 적절성 여부, 현장 간부들이 문제를 제기하지 못한 이유, 그리고 폐쇄적이고 수직적인 조직문화가 잘못된 판단을 키운 것은 아닌지 철저히 규명되어야 한다고 촉구했다. 나아가 관리 실패 책임이 있는 경찰 지휘부가 책임을 회피하며 하위직 경찰관들에게만 책임을 전가하고 전국 단위 강제 순환보직을 추진하는 것은 올바른 개혁 방향이 아니라고 비판했다. 그러나 이러한 주장에 대한 사회적 시선은 엇갈린다. 장윤기 사건의 초동수사 단계에서 살인 혐의 등이 적용되지 않은 경위를 두고 국가수사본부 진상규명 특별수사단이 전 광주 광산경찰서장 등을 직권남용 및 직무유기 혐의로 입건해 수사를 진행 중이다. 유족은 공판에서 사형 선고를 호소하기도 했으며, 이 같은 상황 속에서 조직 내부가 먼저 책임을 인정하기보다 검찰과의 권한 다툼 구도로 사안을 끌고 간다는 비판이 제기되고 있다. 온라인상에서도 "권한 방어 목소리보다 사건 발생 경위에 대한 설명과 반성이 우선"이라는 반응이 나오고 있으며, 경찰 개혁 논의가 수사권 조정 같은 제도적 문제로만 국한되면서 정작 피해자와 유족의 입장이 소외되고 있다는 지적도 함께 제기되었다.